Nuo 2001 m. rugsėjo mėn. KU bibliotekoje įkurtas Mažosios Lietuvos archyvas, kaupiantis savo fonduose leidinius bei archyvinę medžiagą, atspindinčią šio krašto kultūrą ir istoriją.
Šiuo metu archyve yra išeivių iš Mažosios Lietuvos Anso Lymanto ir Viliaus Pėteraičio rinkiniai, aušrininko Martyno Jankaus vaikaitės Ievos Jankutės, Lietuvių studentų korporacijos “Jūra”, pavieniai buvusio klaipėdiškio žurnalisto ir visuomenės veikėjo Martyno Glažės šeimos dokumentai, Mažosios Lietuvos tyrinėtojo, KU dėstytojo Jurgio Mališausko archyvinis palikimas. Be to, archyve saugomi KUB retų spaudinių bei rankraščių (disertacijų) fondai.