KU bibliotekoje saugomą retų dokumentų rinkinį sudaro:
- lituanistika, išleista iki 1945 m.,
- spaudiniai, išleisti tremtyje (Vokietijoje) iki 1950 m.,
- kiti spaudiniai, išleisti iki 1900 m.,
- įžymių žmonių autografuoti leidiniai,
- rankraščių rinkinys, kuriame užregistruoti ir tvarkomi 7 fondai:
- F1 Anso Lymanto (1921-2002), spaudos darbuotojo, dailininko, išeivijos veikėjo kolekcija;
- F2 dr. Kazio Pemkaus (1920-1996), gydytojo, išeivijos kultūros veikėjo biblioteka-archyvas;
- F3 Viliaus Pėteraičio (1914-2008), kalbotyrininko, visuomenės veikėjo, KU garbės daktaro kolekcija;
- F5 Ievos Jankutės (1924- 2014), aušrininko M. Jankaus vaikaitės kolekcija;
- F7 Pavieniai dokumentai (M. Glažės dokumentai);
- F9 Lietuvių studentų korporacija “Jūra” (Algirdo Gustaičio dokumentai);
- F10 dr. Jurgio Mališausko (1928 – 2013), KU Literatūros katedros docento, Mažosios Lietuvos tyrinėtojo kolekcija.